بن جعفر لدى تقديمه ملف ترشحه للرئاسية "اخترت مبدأ المشاركة من منطلق المواطنة والمصلحة العامة والمشاركة في الشأن العام" قدم السيد مصطفى بن جعفر الأمين العام للتكتل الديمقراطي من اجل العمل والحريات يوم الخميس 24 سبتمبر 2009 بمقر المجلس الدستوري بباردو طلب ترشحه للانتخابات الرئاسية التي تجرى يوم 25 أكتوبر 2009.وكان تقديم الترشح محل انتظارات الوسط السياسي التونسي خاصة بعد قرار الهياكل القيادية للحزب ترشيح أمينها العام للانتخابات الرئاسية ويكون السيّد بن جعفر خامس المتقدمين بملف ترشحهم لهذا الاستحقاق الانتخابي المنتظر بعد كلّ من -الرئيس زين العابدين بن علي:مرشّح التجمّع الدستوري الديمقراطي -السيّد محمّد بوشيحة :مرشّح حزب الوحدة الشعبية -الأستاذ أحمد الإينوبلي:مرشّح حزب الاتحاد الوحدوي الديمقراطي -الأستاذ أحمد إبراهيم:مرشّح حركة التجديد الّذين قدموا ملفات ترشحهم في وقت سابق للمجلس الدستوري
ويُثير ملف الدكتور مصطفى ين جعفر إشكاليات تأويلية لمعنى الفقرة الثالثة من الفصل أربعين من الدستور الّتي جاءت بأحكام إستثنائيّة لانتخاب رئيس الجمهورية يوم 25 أكتوبر، ويقول بن جعفر أنّه مؤهّل دستوريّا للترشّح وله كلّ الضوابط الدستوريّة المنصوص عليها في تلك الأحكام وهي أنّه الأمين العام للتكتّل من أجل العمل والحريات وأنّه "منتخب" من قبل الهيئة التأسيسيّة للحزب منذ أكثر من سنتين لتلك المسؤوليّة. ولم تذكر الأحكام الدستوريّة الاستثنائيّة طبيعة هذا الانتخاب ما إذا كان المقصود منه انتخابا من المؤتمر الوطني أم أنّه انتخاب من صبغة أخرى ، ولم يُنجز التكتّل مؤتمره الأوّل إلاّ خلال هذه الصائفة وهو الأمر الّذي ستّتجه إليه الأنظار خلال الفترة القليلة المقبلة لمعرفة ورصد رأي المجلس الدستوري في القراءة التأويليّة الّتي ذهب إليها التكتّل من أجل العمل والحريات لمعنى "الانتخاب" في الأحكام الدستورية المشار إليها.