استأثرت، مرة أخرى مسألة تطبيق قانون النظام الداخلي بنقاش الجلسة العامة للمجلس الوطني التأسيسي. فقد استغرقت مناقشة تطبيق النظام الداخلي من عدمه الكثير من الوقت الذي كان من المفروض أن يخصص لمناقشة فصول مشروع القانون الأساسي المتعلق بإحداث هيئة عليا مستقلّة للانتخابات. فلقد مثلت مسألة القبول بمبدأ التعديل محلّ خلاف كبير بين رئيس المجلس الوطني التأسيسي مصطفى بن جعفر وبين عدد من النواب، ففي حين تمسك بن جعفر بضرورة التطبيق الصارم لقانون النظام الداخلي والذي نص فيه على أن يقع التصويت على مبدأ التعديل أولا، رأى عدد من النواب أن ذلك غير معقول نظرا لأن كل المشاريع السابقة وقع فيها القبول بمبدأ التعديل آليا دون التصويت وذلك بعد أن تمّ التوافق حول هذه المسألة في اجتماع سابق بين بن جعفر ورؤساء الكتل النيابية على خلفية عدم القبول بالعديد من مقترحات التعديل حول كل من عنوان مشروع القانون الأساسي المتعلق بإحداث هيئة عليا مستقلّة للانتخابات والفصل الأول من ذات المشروع، حيث عمد رئيس المجلس مصطفى بن جعفر الى تمرير عدد من مقترحات التعديل دون مناقشة من طرف أصحابها، ثار عدد من النواب على تصرف بن جعفر وطريقة تسييره للجلسة حيث رأوا أنه في كل مرة يطبق قانون النظام الداخلي حسب أهوائه، ضاربا باتفاقه مع رؤساء الكتل عرض الحائط. وردّا على تصرف بن جعفر وتمسّكه بتطبيق قانون النظام الداخلي بكل صرامة، قالت النائبة عن كتلة المؤتمر سامية عبّو إن اتفاق بن جعفر مع رؤساء الكتل سابقا أصبح يمثل التزاما أخلاقيا وعليه احترامه أكثر من النظام الداخلي، مشيرة الى أنهم عملوا بهذا الاتفاق في المشاريع السابقة واعتمدوا عليه الأمر الذي جعل منه قانونا. هذا الرأي ردّ عليه بن جعفر متسائلا عما إذا كان ما صرحت به السيدة عبّو صادر عن امرأة قانون أو عكس ذلك، مؤكدا أن القانون هو القانون. النائب عن الكتلة الديمقراطية اياد الدهماني بدوره رأى ضرورة التصويت آليا بالقبول بمبدأ التعديل لأن المسألة ليست مسألة قانون إنما مسألة مبدأ وأضاف أنّ على النائب الذي قدم المقترح أن يوضحه ليطلع الشعب على هذا المقترح. بينما ذهب النائب أيمن الزواغي عن العريضة الشعبية الى أبعد من ذلك، إذ رأى أن عدم الاطلاع على المقترح يعدّ مسألة خطيرة لأن المقترح قد يكون هاما ومن حق المتابعين لمداولات المجلس الوطني التأسيسي الاطلاع على فحوى المقترح. في حين رأى عدد من النواب، أن اصرار بن جعفر على تطبيق النظام الداخلي والتشبث بمسألة أن يقع أولا التصويت على مبدأ التعديل إنّما هو محاولة ورغبة منه للابقاء على مشروع قانون هيئة الانتخابات دون اقحام أي تعديل. من جهتها، اعتبرت النائبة المستقيلة عن كتلة التكتل سلمى مبروك، أن التشدّد في مسألة التصويت أولا على مبدأ التعديل من شأنه أن يخلق أزمة لدى التصويت على الفصول. وأمام هذا الاختلاف الكبير، طالبت النائبة عن الكتلة الديمقراطية بن جعفر برفع الجلسة لعشر دقائق حتى يتمكنوا من ايجاد توافق حول المسألة. وقد تمّ الاتفاق في كواليس المجلس على التصويت على مبدأ التعديل ثم يقوم النائب بتوضيح مقترحه ثم يقع التصويت على القبول بمبدأ التعديل من عدمه. هذا وقد تمّ اثر ذلك التصويت على عنوان المشروع والفصل الأول منه.