L'article 6 du projet de la Constitution, relatif à la liberté de conscience, a suscité la polémique à l'intérieur ainsi qu'à l'extérieur de l'Assemblée nationale constituante. Les négociations entre les députés se sont poursuivies jusqu'au aujourd'hui pour trouver un compromis autour de cet article. Les présidents des blocs parlementaires sont parvenus, mardi 21 janvier 2014, à trouver un consensus sur une nouvelle formulation qui stipule que « l'Etat s'engage à véhiculer les valeurs de la modération, de la tolérance et à protéger le sacré de toute agression et s'engage à interdire le "takfir" et l'incitation à la haine et à la violence ».