Par Fredj Tekaia et Abdellatif Boudabous - Il y a deux ans, nous avons publié un papier dans Leaders sur un cours de Bioinformatique et d'Analyses des Génomes que nous avions organisé à l'Institut Pasteur de Tunis du 18 Septembre au 15 Décembre 2017 [1]. Nous sommes heureux de vous informer qu'un article [2] sur l'implémentation et le contenu de ce cours, vient d'être publié dans le journal « Plos Computational Biology » en première page du numéro du mois de Janvier sous la rubrique « Education » [3]. Dans cet article nous avons relaté notre expérience concernant la conception et l'implémentation de ce cours de trois mois, intensif et d'un niveau avancé selon les standards internationaux à l'Institut Pasteur de Tunis [4]. Le cours s'adresse à des étudiants motivés en Thèse et à de jeunes (35 ans) chercheurs qui travaillent sur des projets qui impliquent la Bioinformatique et/ou la Génomique. L'article détaille toutes les étapes de l'organisation et du contenu de ce cours y compris les documents théoriques et pratiques relatifs aux thèmes dispensés dans un environnement Unix. Le cours commence par une mise à jour en Unix, Perl et R ainsi que les méthodes et outils d'analyse des séquences et se poursuit pendant 7 semaines par les analyses à grandes échelle des données génomiques (génomes complets, métagénomiques). Les étudiants ont pu acquérir les compétences pour traiter des masses de données génomiques en programmant des scripts en shell sh, Perl et R. Le cours se termine par une semaine de conférences délivrées par des experts dans différents domaines de la Bioinformatique et de la Génomique. Les différentes évaluations, par les Enseignants et les étudiants, ont montré qu'il est possible d'aller au-delà des enseignements basiques et introductifs et de proposer un enseignement permettant d'amener les jeunes étudiants à un haut niveau de compétence. Les détails de l'organisation et du contenu que nous avons reportés dans ce papier peuvent être utiles à ceux qui souhaitent entreprendre l'implémentation de ce type de cours.
Ce cours a été réorganisé en 2018 du 10 Septembre au 14 Décembre 2018 [5] en incluant, suivant les suggestions des participants au premier cours, des thèmes relatifs aux méthodes et outils d'assemblage des séquences génomiques, d'analyse des variants structuraux des génomes ainsi que les systèmes biologiques.
Nous profitons de cette occasion pour inviter les jeunes chercheurs et collègues impliqués dans ces domaines ou ceux qui veulent s'y impliquer, à lire ce papier [2] et à consulter les pages web des cours [4-6] afin d'explorer leurs richesses et intérêts. Ils peuvent aussi voir et enregistrer les conférences des différents cours antérieurs de Bioinformatique et d'Analyse des Génomes organisés à l'Institut Pasteur de Tunis et dans plusieurs autres centres de recherche dans le monde....
Nous encourageons vivement, en particulier les jeunes Mathématiciens, Statisticiens et Informaticiens à s'intéresser à ces domaines multidisciplinaires qui offrent de multiples possibilités de recherches passionnantes et de coopération sans frontières dans l'analyse des données. En effet, le domaine de Bioinformatique et Analyse des Génomes ouvre de nouvelles perspectives d'emplois pour les jeunes thésards défiant les limites des disciplines classiques.
Nous incitons les jeunes post-doctorants à explorer le matériel (Théorique et Pratiques) des cours précédents et à présenter leurs candidatures pour participer aux prochains cours.
Remerciements : Nous renouvelons nos remerciements chaleureux à ceux qui nous ont aidés à organiser ce cours, en particulier le Professeur Fethi Sellaouiti (Président de l'Université Tunis El Manar) et le Professeur Hechmi Louzir (Directeur de l'Institut Pasteur de Tunis) ainsi que la DGRS, l'IFT (Institut Français de Tunisie), l'IRESA, l'AUF (Agence Universitaire de la Francophonie) et la FEBS (Federation of European Biochemical Societies).
Références : 1) Un cours intensif de Bioinformatique et d'analyse des génomes à l'Institut Pasteur de Tunis http://www.leaders.com.tn/article/23769-un-cours-intensif-de-bioinformatique-et-d-analyse-des-genomes-l-institut-pasteur-tunis
2) https://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.1006373 Guerfali FZ, Laouini D, Boudabous A, Tekaia F (2019). Designing and running an advanced Bioinformatics and genome analyses course in Tunisia. PLoS Comput Biol 15(1): e1006373. https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1006373
3) PLos Computational Biology (Numéro de Janvier 2019) : https://journals.plos.org/ploscompbiol/issue
4) Bioinformatics and Genome Analyses course, Institut Pasteur de Tunis : a)September 18 – December 15, 2017 : https://webext.pasteur.fr/tekaia/BCGAIPT2017.html
5) September 10 – December 14, 2018 : https://webext.pasteur.fr/tekaia/BCGAIPT2018.html
6) Lien vers l'ensemble des cours « Bioinformatics and Genome Analyses » : https://webext.pasteur.fr/tekaia/BGA_courses.html
Auteurs : Fredj Tekaia Chercheur invité Institut Pasteur Paris 25, rue du Dr. Roux 75724 Paris cedex 15 France
For our courses on "Bioinformatics and Genome Analyses" visit: https://webext.pasteur.fr/tekaia/BGA_courses.html
Abdellatif Boudabous Professeur Universite Tunis El Manar, Faculté des Sciences de Tunis, Laboratoire Microorganisme et Biomolécules Actives, Campus Universitaire Farhat Heched, El Manar, Tunis, Tunisie
