Déforestation, afforestation, reforestation, ces trois termes sont importants quand on veut considérer la forêt comme un puits de carbone. La déforestation signifie la transformation de l'usage d'un territoire sur lequel se trouvait une forêt lorsqu'on le transforme, par exemple, en prairie pour l'élevage, qu'on y construit des routes ou qu'on y aménage des zones urbanisées ou industrielles. Ces territoires sont perdus et doivent être soustraits du potentiel de stockage du CO2 d'un pays. ( De 1990 à 2005, le Brésil a coupé 42 329 000 hectares de forêt) On parle de reforestation lorsque les territoires forestiers sont récoltés, puis régénérés en forêts productives. Ces territoires peuvent, selon les uns, être considérés, comme des sources de carbone, en raison de la décomposition accélérée de la litière, ou comme des territoires neutres, car les jeunes arbres ont une croissance beaucoup plus rapide que les vieux et auront donc tendance à terme à capter l'équivalent du carbone émis. Selon les autres, ils constituent des puits de carbone : le bois qui est utilisé pour des usages durables correspond dans les faits à une certaine quantité de carbone séquestré. L'afforestation, enfin, correspond au reboisement d'un territoire qui avait qui avait une autre vocation, généralement agricole. Ces territoires sont considérés comme des puits de carbone à condition qu'ils soient protégés contre les incendies. L'afforestation se fait généralement à des fins commerciales pour en exploiter le bois. Dans les pays industrialisés, la tendance est à la reforestation plutôt qu'à la déforestation, alors que c'est l'inverse dans les pays en voie d'industrialisation. L'afforestation dans les pays en développement peut rendre de nombreux services et être admissible au mécanisme de développement propre du Protocole de Kyoto.
