بعد أن قطع مشروع القانون الأساسي المتعلق بإحداث الهيئة العليا المستقلّة للانتخابات أشواطا متقدمة ، وجدت هذه الهيئة نفسها في مواجهة تحديات أخرى تجاوزت نقاط الإختلاف حول تركيبتها لتبلغ مسألة إدراتها و تعاملاتها المالية . فقد أعلن مؤخرا المحامي فتحي العيوني لوسائل الإعلام قرار رفع قضية عدلية ضد هيئة الإنتخابات التي يترأسها كمال الجندوبي،متّهما إياها بتبديد المال العام و مؤكدا على أنه يملك أدلة في ذلك، و من جهتها تحركّت هذه الهيئة و رفعت قضية ضدّ فتحي العيوني"من أجل الثلب و نشر أخبار زائفة من شأنها تعكير صفو النظام العام .» و ذهب فتحي العيوني إلى أنه لا يجوز أن يناقش المجلس الوطني التأسيسي قانون هيئة الإنتخابات دون أن تتم المحاسبة ، و هو ما إعتبرته الهيئة "أمرا مغلوطا و اتهاما باطلا"،حسب بيان لها صادر بتاريخ 4 ديسمبر 2012 . كما اعتبر البيان "أنه تمّ إقحام الجهاز القضائي في عمل يستهدف الهيئة و أعضائها و إستقلاليتها و تجربتها السابقة ." و أضاف ب"أنّ الهيئة على إستعداد للتعامل مع كل الجهات القضائية في إطار القانون كما سبق و أن تعاملت مع دائرة المحاسبات بكل إيجابية».