يعاني ميناء الصيد البحري بصفاقس من عديد المشاكل التي أثّرت على الخدمات المقدمة، وعلى مردوديته الاقتصادية، وعلى وضعية مختلف العاملين في القطاع. و من أبرز الاشكاليات المطروحة و التي تؤرق البحارة في جهة صفاقس نذكر أساسا التأثير السلبي للتلوث الصناعي على الثروة السمكية و خطورة الصيد العشوائي بالإضافة الى ظاهرة انتهاك المراكب الاجنبية لمياهنا التونسية والنزاع بين بحارة الصيد التقليدي ومستعملي الكيس الذين بلغ عددهم حوالي 1500 مركب بولاية صفاقس. و من القضايا التي تشغل بال العاملين في القطاع هي مسألة التأمين على الحياة و ضمان الحقوق الاجتماعية لعائلات البحارة الذين يتعرضون لحوادث الشغل حيث تعاني بعض العائلات التي فقدت عائلها في البحر بسبب الغرق الى اليوم من ضياع حقوقها الاجتماعية. و يطالب البحارة و العاملين بمناء صفاقس من الدولة بايجاد الحلول للقضايا المتراكمة في القطاع و التصدي لكل انواع الصيد الممنوع و الممارسات الغير قانونية من طرف البعض حتى نحافظ على الثروة السمكية و بغاية إنقاذ القطاع وتنظيمه.