اعتبرت جماعة "الإخوان المسلمين" ان الانقلاب العسكري هو الارهاب " في أولي ردود الأفعال ضد إعلان السلطات المصرية الجماعة بأنها "إرهابية"مشيرة الي أنه قرار "غير قانوني" و لا يستند لأي دلائل، بما أنه "لم يصدر أي حكم قضائي على أي من الإخوان يتهمهم بالإرهاب أو القيام بأعمال عنف". و استقبل نشطاء الجماعة ومناصريها، الخبر القرار بسخرية، عبر مواقع التواصل الاجتماعي، مؤكدين رفضهم للقرار ومناهضة ما يصفوه "حكم العسكر" في مصر. وقالت صفحة حزب "الحرية والعدالة" الذراع السياسي للجماعة في مصر، على صفحة الحزب في موقع "فيسبوك"، إن "نظام الانقلاب يعلن جماعة الإخوان المسلمين إرهابية،على غرار حركات المقاومة الفلسطينية ضد إسرائيل، ويقرر تحويل الجامعات لثكنات عسكرية لقمع حريات الطلاب ومصادرة أموال شركات أعضاء الإخوان من شرفاء مصر". وشدد الحزب على أن "الانقلاب هو الإرهاب" في إشارة إلى الانقلاب الذي نفذه الفريق أول عبدالفتاح السيسي ضد الرئيس المصري المنتخب. وأكد المستشار محمد عوض، رئيس محكمة استئناف الإسكندرية سابقا، أن قرار اعتبار الإخوان المسلمين بأنهم جماعة إرهابية "يعد باطلا بطلانا مطلقا لعدم استناده إلى أي تحقيق قضائي أو أي دليل مادي حقيقي على إرهاب الجماعة". وأضاف المستشار عوض، وهو أحد أعضاء قضاة ضد الانقلاب، على صفحته الشخصية في موقع التواصل الاجتماعي "فيسبوك" قائلا "فضلا على أنه لم يصدر أي حكم قضائي نهائي وبات بارتكاب أي من أعضاء الجماعة أي أعمال إرهابية استنادا لقانون الإرهاب رقم 97 لسنة 1992، من ثم فإن هذا القرار لا يعد سوى كونه قرارا انتقاميا من معارضي الانقلاب ومؤيدي شرعية الرئيس المنتخب محمد مرسي" على حد تعبيره.