عديد الأشياء تغيرت في أسلوب تكوين شبان النادي الصفاقسي منذ أن تم تعيين المدرب يوسف البعتي على رأس الادارة الفنية للشبان فتم تدعيم الرصيد البشري للشبان وتم الاعتماد بالدرجة الاولى على أبناء المنطقة اي من ولاية صفاقس تفاديا للمصاريف الثانوية التي ترهق كاهل أمانة المال فتم بعث 4 فرق لصنف المدارس كما تم اضافة فريق لصنف الأداني فضلا عن بعث 4 أكاديميات. شرع النادي الصفاقسي وباقتراح من المدير الفني يوسف البعتي سنة 2003 في بعث 4 أصناف لأول أكاديمية تتراوح أعمار اللاعبين بين 9 و10 سنوات وقد تواصل العمل بهذه الطريقة حتى موفى 2005 لكن مع بداية سنة 2006 دخل النادي الصفاقسي في المرحلة الثانية حيث تم فتح الأبواب لكل الأطفال الذين تتراوح أعمارهم بين 4 و14 سنة ولهذا الغرض تم فتح 4 مراكز للأكاديمية تضم ما لا يقل عن 500 لاعب وهي مراكز المدرب القديم للنادي بطريق المطار ومركز ملعب 2 مارس بصفاقس ومركز ساقية الزيت ومركز المركب الجديد للنادي وكمرحلة أولى لانتشار الأكاديميات في معتمديات صفاقس تم بعث مركزين جديدين الاول في مدينة اللوزة والثاني في مدينة حزق. تأمين الاكتفاء الذاتي حرصا من الساهرين على هذه المراكز من فنيين ومسؤولين لانجاح المخطط المرسوم والمتعلق بالاكتفاء الذاتي من اللاعبين وعدم اللجوء للانتدابات الخارجية يقع في نهاية كل موسم انتقاء أبرز اللاعبين الذين بلغت أعمارهم 11 سنة من كل الأكاديميات وضمهم نهائيا الى صنف المدارس وبهذه الطريقة يتجنب النادي الصفاقسي مصاريف الانتدابات الزائدة من مختلف ولايات الجمهورية. تحسين في النتائج تحصل النادي الصفاقسي منذ اعادة هيكلة طريقه في التعامل مع الشبان اي منذ سنة 2003 على 7 كؤوس وطنيا وعديد الألقاب على المستويين الجهوي والاقليمي كما كانت مشاركاته مشرّفة في الدورات المغاربية والأوروبية نذكر منها دورة تبسّة بالجزائر حيث تحصل فريق الاداني «أ» على كأس الدورة (موسم 2003 2004) كما تحصل فريق أداني «ب» على كأس دورة سوشو مانبيار (2005 2006) وتحصل في نفس الدورة اللاعب ربيع المسلمي على كأس أحسن لاعب فضلا عن حصول الفريق على كأس الروح الرياضية. وفي نفس الموسم (2005 2006) تحصل فريق الأداني «أ» على كأس دورة غونزاغا بميلانو (ايطاليا) كما تحصل الحارس سليم الرباعي على كأس أحسن حارس والبقية تأتي.