إن الخديعة التي تعرض لها زعماء القبائل ظلت واحدة من أغرب ما حدث في هذه الثورة، ونجد تفاصيل رواية هذه الخديعة في تاريخ ابن أبي الضياف الذي يذكر كيف كاتب الباي قادة جيشه لاستدراج زعماء من قبائل ماجر والفراشيش وونيفة المسجونين وغيرهم ممن اختار الصلح والطاعة، بعد أن أمن الباي من رعاع العامة. ولما وصله المكتوب بأسمائهم تقبّض عليهم وسجنهم، ثم بعثهم مقرنين في السلاسل والأغلال مع جمع من عسكر المخازنية وفرسان من «الهمامة» و»جلاص» وجماعة من العسكر وعددهم نحو المائتين من رجال قبائل غرب البلاد منهم خصوصا الشيخ الحاج مبارك صاحب الزاوية الشهيرة في مدينة تالة وكان طاعنا في السن ولم يشفع له ذلك عند رجال الباي والشيخ إبراهيم الخلفاوي وغيرهم من الأعيان والعامة الذين شملهم الأمان واغتروا به حتى اطمأنوا ونزعوا أسلحتهم. ويضيف ابن أبي الضياف: «وكان وصولهم في 13 مارس 1865 فأدخلوا إلى صحن البرج مصفّدين في أغلالهم. وجلس لهم الباي على كرسي ببيت الباشا قرب بابها وأحضر أعيانهم فوبّخهم على ما كان أغضى لهم عنه وأمّنهم منه، وقال لهم: «لولا شفاعة الوزير لأمرت بكم الى باردو كناية عن قطع رؤوسهم، وأمر بضرب جميعهم فمنهم من حكم عليه بألفي ضربة، ومنهم من حُكم عليه بألف وخمسمائة، ومنهم من حُكم عليه بألف وأكثر الجماعة بخمسمائة للواحد وأمر بسجن جميعهم بكرّاكة حلق الوادي». وكما نرى من رواية ابن أبي الضياف، فإن الباي والخزندار بعد أن استأمنوا العامة وشيوخ القبائل وقادتها غدروا بهم وجلبوهم مقرنين في الأصفاد وضربوهم أمام العامة بطريقة تهدف إلى إذلالهم ثم أمروا بهم إلى سجن الكراكة الشهير في حلق الوادي. وقد أدت تلك الخديعة وعدة أعمال أخرى اقترفها رجال السلطة إلى عودة التوتر وعودة العديد من القبائل إلى الثورة، وفي جويلية 1865 ظهرت أعمال ثورة وتمرد في شمال غرب تونس وخصوصا على الحدود التونسيةالجزائرية حيث عمد الثوار إلى إحراق العديد من الغابات والممتلكات وهو ما أثار غضب الحكومة الفرنسية التي ترى أن الباي ووزيره لا يفعلان شيئا لإيقاف تلك الأعمال، بل سارع كاهية الكاف صالح بن محمد إلى اتهام فرنسا بأنها هي التي تثير الشغب في غرب تونس لأغراض استعمارية. في صيف 1865 كانت بقايا التمرد في شمال غرب البلاد تؤرق الحكومة الفرنسية خصوصا، لأن الثوار التونسيين أحرقوا عدة ممتلكات وغابات تحت الاستعمار الفرنسي في الجزائر. ونظرا للخلاف العميق بين مصطفى خزندار والحكومة الفرنسية فإنه تعمد أن لا يفعل شيئا لكف الهجومات المتكررة على أملاك الفرنسيين في تونس ورفض التعويض لهم عن خسائرهم مثلما حدث مع الجاليات الأخرى في تونس. ونظرا لتكرار ذلك، فقد أرسلت السلط الفرنسية تهديدات واضحة باكتساح البلاد التونسية في أيام، وهو ما جعل مصطفى خزندار يتراجع ويفتح باب التفاوض مع الفرنسيين وبادر بتقديم 400 ألف فرنك فرنسي قديم لتعويض الأضرار التي حصلت للجالية الفرنسية. وفي تلك المفاوضات، نعثر على أول علامات استعداد الفرنسيين لتسليم علي بن غذاهم إلى الخزندار أخيرا، كما نعثر على تفاصيل العملية السياسية المثيرة التي نفذها الخزندار ليتمكن من فرض سيطرته التامة على البلاد.