تنظر في القضايا العسكرية: 1) محاكم ابتدائية عسكرية دائمة بتونس وصفاقس والكاف ويجوز لها عند الضرورة أن تعقد جلساتها بأي مكان آخر 2) محكمة استئناف عسكرية مركزها تونس العاصمة 3) دوائر اتهام عسكرية 4) دوائر تعقيب عسكرية كما يجوز أيضا في زمن الحرب أو كلما دعت لذلك مصلحة أمن البلاد الداخلي أو الخارجي إنشاء محاكم عسكرية أخرى دائمة أو مؤقتة بأمر بناء على اقتراح وزير الدفاع الوطني يعين فيه مرجع نظرها. (الفصل الأول (جديد) من المرسوم عدد69 لسنة 2011 مؤرخ في 29 جويلية 2011 يتعلق بتنقيح وإتمام مجلة المرافعات والعقوبات العسكرية) كان التقاضي في المحاكم العسكرية قائما على درجة واحدة إذ كان الطعن في الحكم الجنائي الصادر عن المحكمة العسكرية يتم لدى محكمة تعقيب عسكرية وكان الفصل الأول من مجلة المرافعات والعقوبات العسكرية ينص على وجود محكمة عسكرية دائمة مركزها تونس العاصمة ودائرة اتهام عسكرية ومحكمة تعقيب عسكرية. وتمّ إصدار أمر سنة 1982 لإحداث محكمة عسكرية بصفاقس وأمر سنة 1993 لإحداث محكمة عسكرية بالكاف.