أثارت تصريحات شنودة بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية الأخيرة والخاصة بعدم اعتذاره عن تصريحات بيشوي التي زعم فيها تحريف القرآن الكريم، موجة غضب واستنكار واسعة من الكثير من المثقفين والأدباء، معتبرين أن عدم اعتذار شنودة معناه موافقته على آراء بيشوى.وقال المفكر الكبير المستشار طارق البشرى: إن عدم اعتذار شنودة عن تصريحات بيشوى، معناه موافقته على آراء بيشوى التي شكك فيها في القرآن الكريم.. وإن تصريحات بيشوى تلحق شنودة شخصيًا، نظرًا لاختيار البابا لبيشوى وتقليده إياه عددًا من المناصب الحيوية.. فهو سكرتير المجمع المقدس ويرأسه في غياب شنودة ورئيس لجنة التأديب وأسقف دمياط، وهو على رأس الكنيسة من بعد شنودة. وأضاف المستشار البشرى - تعليقًا على نفى شنودة اعتذاره مشيرًا إلى إبدائه الأسف فقط -: إن البابا أبدى أسفه على رد أفعال المسلمين، وليس على مزاعم بيشوى، وشكك في الصواب الصحفي، رغم اعتراف بيشوى بنفسه.. إننا ننتظر من الكنيسة المصرية المعروفة بمواقفها الوطنية مراعاة حرمة الجماعة الوطنية، بحسب يومية الشروق المصرية المستقلة. ومن جانبه، قال الدكتور عبدالمعطى بيومى، عضو مجمع البحوث الإسلامية: إنه حتى لو اعتذر البابا على كلام الأنبا بيشوى مع كل ما قيل في الآونة الأخيرة، "فإنه لن يقدم أو يؤخر في الحقيقة، ولا تزيل ما علق في أذهان المسلمين وما جرح مشاعرهم بشكل كاف وحقيقي، لأننا أمام إساءة للقرآن الكريم ولا تكفى لرد هذه الإساءة الاعتذار أو الأسف"، وتساءل: "فهل يأسف للإساءة للقرآن؟!". وأوضح بيومي أن المشكلة هي الفكر الكنسي منذ تولى البابا شنودة، وأن هذا الفكر قد أعلن واتضح لجميع المسلمين والمسيحيين، وظهر الخطر الذى يمثله هذا الفكر على المصريين منذ اعتلائه الكرسي البابوي. وفى السياق ذاته، طالب الدكتور عبد الفتاح الشيخ، رئيس جامعة الأزهر الأسبق ورئيس اللجنة الفقهية بمجمع البحوث الإسلامية، مجددًا بحضور البابا شنودة إلى شيخ الأزهر الدكتور أحمد الطيب وعقد مؤتمر صحفي يعلن فيه وضوح موقفه ورده الصريح على تصريحات بيشوى. وكان شنودة الثالث نفى أن يكون قد استخدم كلمة "اعتذار" في حواره الذي أجراه مع التليفزيون المصري، وقال في تصريحات أدلى بها لبرنامج الحياة اليوم مؤخرًا: "لم أستخدم كلمة اعتذار، لكنى أعربت عن أسفى لغضب المسلمين.. من واجبي أن أرضى الجميع، وأعتقد أنني مسئول عن سلامة مصر والمجتمع". وأضاف شنودة: إنني مسئول عن أمن وسلامة مصر وأعمل على قدر استطاعتي لتحقيق ذلك، وأعرب عن أن التيار السائد في الوقت الحالي بمصر لا يؤول إلى خير، مشيرًا إلى أنه للتغلب على تلك الأزمة الحاصلة، فلابد من التوعية والتهدئة ونشر روح من المحبة في قلوب الناس أجمعين، وشرح الطرق التي يلجأ إليها الإنسان الحكيم إذا غضب حتى يتعلم منه العوام من الشعب. الإسلام اليوم الجمعة 22 شوال 1431 الموافق 01 أكتوبر 2010