يتضمن مشروع النظام الداخلي للمجلس الوطني التأسيسي 161 فصلا في 11 بابا يتحدث عن تنظيم المجلس وسيره ومكتبه واختصاصات رئيسه وكذلك تنظيم لجان المجلس وأعمالها. ونص مشروع النظام الداخلي للمجلس الوطني التأسيسي، الذي تمّ الشروع في ماقشته صباح الثلاثاء على تمتع أعضاء المجلس التأسيس بالحصانة (من الفصل 141 إلى الفصل 151 ).
ونص الفصل 141 على أنه "لا يمكن تتبع عضو المجلس الوطني التأسيسي أو إيقافه أو محاكمته لأجل آراء أو اقتراحات يبديها أو أعمال يقوم بها لأداء مهام نيابية". فيما، نص الفصل 145 على رفع الحصانة على أساس الطلب المقدم من السلطة القضائية مرفقا بملف القضية.
ونصّ المشروع أيضا على اختصاصات اللّجان القارة التأسيسية وتنظيم أعمالها وتركيبتها البالغ عددها 7 وهي: لجنة التوطئة والمبادئ الأساسية للدستور، ولجنة الحقوق والحريات، ولجنة السلطة التشريعية والسلطة التنفيذية والعلاقة بينهما، ولجنة القضاء العدلي والإداري والمالي والدستوري، ولجنة الهيئات الدستورية، ثم لجنة الجماعات العمومية والجهوية والمحلية، فلجنة تعديل الدستور.
هذا إلى جانب التنصيص على اللجان الخاصة، وهي لجنة الحصانة واللجنة الخاصة بالنظام الداخلي ولجان المتابعة (وهما لجنة شهداء وجرحى الثورة وتفعيل العفو التشريعي العام، ولجنة مكافحة الفساد والإصلاح الإداري). ولجان التحقيق في القضايا الهامة ذات الانعكاس المباشر على المصالح الوطنية.
ونص المشروع في باب آخر على الجلسة العامة وموعد انتظامها وطريقة تسييرها وسيرها وطريقة تقسيم المقاعد داخل المجلس إلى الكتل البرلمانية، وكيفية التصويت على الفصول وتعديلها وذلك بأغلبية الأعضاء عندما يتعلق القرار بالمصادقة على مشاريع القوانين العادية على ألا تقل نسبة الموافقين عن ثلث الأعضاء المجلس والتصويت بالأغلبية المطلقة للأعضاء عندما يتعلق القرار بالمصادقة على منح الثقة، ولائحة اللوم، وإعفاء رئيس الجمهورية من مهامه، وإعفاء رئيس المجلس الوطني التأسيسي من مهامه، والتصويت على فصول مشروع الدستور، ومشاريع القوانين الأساسية و تنقيح النظام الداخلي.
ويكون التصويت بأغلبية ثلثي أعضاء المجلس عندما يتعلق القرار بالمصادقة على مشروع الدستور في قراءة أولى ومشروع الدستور في صورة اللجوء إلى قراءة ثانية و إشهار الحرب و إبرام السلم.
وتضمن المشروع فصولا تتصل بمحاضر الجلسات وحفظ النظام داخل المجلس والحصانة والعصوية في المجلس، والنظر في مشروع الدستور وذلك بتكوين هيئة مشتركة للتنسيق وصياغة الدستور تضم المقرر العام للدستور ومساعده كرئيس و نائبه ورؤساء اللجان القارة التأسيسية ومقرريها كأعضاء، وكذلك النظر في مشاريع القوانين والمصادقة عليها.
وأفرد المشروع بابا خاصا هو الباب السادس لمراقبة العمل الحكومي ذلك بتوجيه لائحة لوم لها في صورة مخالفتها لبرنامج عملها وللسياسة العامة وفي صورة مساءلتها، وكذلك جلسات الحوار معها بمعدل مرة في الشهر حول التوجهات العامة و السياسات القطاعية.
وفي الباب التاسع تناول مشروع القانون مسألة تمثيل المجلس في الهيئات والمجالس الوطنية وفي علاقته الدولية، وكذلك الاستقلالية الإدارية والمالية للمجلس، ماليا و إداريا، ثم تنقيح النظام الداخلي للمجلس.
وجاء في الفصل 114 أن رئيس المجلس الوطني التأسيسي يتلقى مشروع الدستور في صيغته الأولى من رئيس الهيئة المشتركة لصياغة الدستور يتولى تسجيله بدفتر الضبط حال اتصاله به، ثم تعميمه مرفقا بالتقرير العام حول الدستور وبتقارير اللجان القارة التأسيسية على كافة الأعضاء. كما يتولى إبلاغه إلى رئيس الجمهورية وإلى رئيس الحكومة.
كما جاء في الفصل 115 أن المصادقة على مشروع الدستور في قراءة أولى وإن تعذر الحصول على الأغلبية المطلوبة يعرض المشروع في قراءة ثانية في أجل لا يزيد عن شهر من القراءة الأولى. وتخضع القراءتان إلى نفس الإجراءات التنظيمية في مستوى الجلسة العامة.
