اعتبر المرصد التونسي لاستقلال القضاء أنّ تدخل القوات العسكرية المصرية بصفة مباشرة في شؤون السياسة المدنية أو ايقاف مسارها تحت أي مبرر يتناقض مع القيم الديمقراطية وحقوق الإنسان والحريات الأساسية، وعلى هذا الاعتبار فإن القرارات الصادرة عن القيادة العامة للقوات المسلحة تحت غطاء الاستجابة لنداء الشعب واستنادا إلى رأي عدد من الرموز الدينية والوطنية تمثل تجاوزا للمؤسسات المدنية المنتخبة وانتهاكا لشرعيتها وانقلابا على تمثيليتها. ولاحظ المرصد، بعد اجتماعه اليوم الخميس 4 جويلية 2013 في اطار هيئته المديرة، أن المحافظة على امتيازات السلطة العسكرية الموروثة عن النظام الاستبدادي أو المراهنة على الجيش من قبل النخب السياسية المدنية لا يمكن أن يؤدي إلى ارساء نظام ديمقراطي ضامن للحريات العامة والفردية. وأكّد المرصد على ضرورة الرقابة الديمقراطية على القوات المسلحة وتبعية هذه القوات للسلطة المدنية المنتخبة تحقيقا للمقتضيات الدستورية ولمقومات المجتمع الديمقراطي، مستغربا من دعوة القضاة وأساسا أعضاء المحكمة الدستورية إلى تنفيذ تلك القرارات فيما يتجاوز نطاق سلطتهم وطبيعة دورهم زيادة على ما في ذلك من اخلال بحيادهم واستقلالهم. وعبر المرصد التونسي لاستقلال القضاء عن أمله في أن يتوفق الشعب المصري الشقيق إلى تجنيب البلاد التداعيات السلبية للقرارات المذكورة حفاظا على أمنها وعلى مكتسبات ثورتها وعلى حقوق الافراد وحرياتهم.