Mustapha Ben Jaafar semble prendre ses distances vis-à-vis de ses partenaires de la Troïka sur la question des indemnisations. Alerté par la démission du ministre des Finances, Hassine Dimassi, il a estimé en effet que l'indemnisation des bénéficiaires de l'amnistie générale doit s'inscrire dans le cadre du processus de justice transitionnelle et être positionnée dans la troisième et dernière phase, après le questionnement et la reconnaissance, de la réconciliation. Le secrétaire général d'Ettakatol et président de l'Assemblée nationale constituante reconnaît cependant qu'on peut procéder d'ores et déjà à la réintégration professionnelle des bénéficiaires concernés et résoudre des cas sociaux aigüs, mais en se gardant de servir, dès-à-présent l'indemnisation financière. Cette position affirmée lundi par Mustapha Ben Jaafar devant des journalistes au Bardo, tranche avec celle du gouvernement et risque de remettre en question le projet de loi élaboré en ce sens. Elle met en exergue, par ailleurs, la détermination de Ben Jaafar, poussé par ses troupes à se démarquer de ses partenaires de la coalition et faire montre d'indépendance. On reproche souvent au président Ben Jaafar et à certains des élus d'Ettakatol à l'ANC un alignement inconditionnel sur les positions d'Ennahdha.Tout récemment, les attaques du président du groupe parlementaire, Mouldi Riahi, contre Mustapha Kamel Nabli pour « justifier » sa destitution et son appui inconditionnel aux autres propositions ont surpris plus d'un. « En reprenant l'initiative sur un dossier aussi important que celui des indemnisations et le plaçant dans la logique du processus transitionnel, commente pour Leaders un analyste, Mustapha Ben Jaafar marque un point significatif… à condition de s'inscrire dans la continuité ».
