Au cours de sa dernière maladie et alors qu'il était sur son lit de mort, agonisant et presque sans connaissance, à chaque qu'on lui suggérait d'appeler un médecin, il répond : « Il m'a déjà ausculté ! » Il voulait dire qu'il s'en remettait à Dieu.
Selon Askaïkhane de Taha Hussein il n'est pas mort empoisonné, contrairement à ce que prétendent certains historiens arabes. D'après ces derniers, Aboubakr a été empoisonné par des juifs qui l'auraient invité à déjeuner. Il était accompagné du médecin arabe : Al Harith Ibn Kaldah. Celui-ci aurait attiré son attention lui signifiant que la nourriture qu'on leur a présentée était empoisonnée.
Seulement dans d'autres versions Aboubakr avait mangé avec le Prophète Mohamed du gigot d'agneau qui leur fut présenté par une juive et qui contenait du poison.
Poison à long effet, qui a eu raison d'abord du Prophète, puis d'Aboubakr quelque deux années plus tard.
Mais pourquoi n'y a-t-il pas eu de suite à cette affaire ?
Omar Ibn Al Khattab n'aurait pas laisser passer une affaire aussi grave sans poursuivre le coupable.
Il aurait pu en effet convoquer celui qui a invité Aboubakr afin de s'enquérir de la véracité des faits. Cette version de la mort d'Aboubakr empoisonné, reste à vérifier.
Ce fut sa fille Aïcha, mère des croyants qui s'occupa de son père malade.
Aboubakr lui demanda de restituer l'argent qu'il lui a donné, afin de l'inclure dans son patrimoine.
Il tenait à éviter qu'on le taxe d'inéquitable à l'égard de ses enfants et de l'accuser de préférer Aïcha à ses autres enfants.
Aboubakr aurait parlé à Aïcha : de « ses deux frères et deux sœurs ! »
Aïcha ne l'avait pas saisi sur le champ car elle connaissait ses deux frères Absderrahmane et Mohamed et sa sœur Asma' (la femme aux deux ceinturons).
A sa connaissance, elle n'avait pas d'autres sœurs.
Elle le comprendra ultérieurement car Aboubakr avait une concubine (Jarya) dénommé Asma' bint Aâmis. Elle était enceinte lorsqu'Aboubakr a parlé à Aïcha de sa deuxième sœur.
Après le décès d'Aboubakr la concubine accoucha d'une petite fille, qui porta le nom d'Om Kalthoum.
