وتتعلق أهم النقاط الخلافية، وفق ما ورد في النقاش العام حول مشروع الدستور، بمدنية الدولة وعلاقتها بالدين في التوطئة والفصول 1 و 2 و141 وضوابط الحريات وخاصة الفصل 48 وكيفية توزيع السلطات بين رئيسي الحكومة والجمهورية وآليات استقلالية القضاء والمحكمة الدستورية والأحكام الإنتقالية.