وتحمل كوثر بن هنية في رصيدها كمخرجة عدة أشرطة قصيرة ووثائقية من بينها فيلم نرجسي ل"ك" (2001) و"النافذة" (2002) و"أنا وأختي والشيء" (2006) وهو أول شريط قصير محترف في مسيرتها، و"يد اللوح" (2013) و"الأئمة يذهبون إلى المدرسة" (2010) الذي حاز جوائز عديدة ، إلى جانب "شلاط تونس" وهو أول فيلم وثائقي طويل في رصيدها.