في 16 سبتمبر 1949 انضمت إسرائيل إلى هيئة اليونسكو، وفي كلّ سنة، تقوم وكالة التنمية الدولية الاسرائيلية بالمشاركة مع مجلس التعليم العالي بتمويل أكثر من 20 منحة دراسية مع اليونسكو، وفي عام 2005، انتخبت إسرائيل عضوا في لجنة التراث العالمي، وهو العام نفسه الذي سجلت فيه التلال التوراتية مجيدو، وهازور، وبئر سبع وطريق البخور مدن صحراء النقب ضمن قائمة التراث العلمي، وسبقها في التسجيل مدينة عكا القديمة ومصعدة عام 2001، ومدينة تل أبيب البيضاء عام 2003، وتبعتها الأماكن البهائية المقدسة في حيفا والجليل الغربي عام 2008 والمثير أن كل هذه الأماكن تم تسجيلها في عهد الياباني كوشينو ماتسورا، الذي تولى رئاسة اليونسكو منذ عام 1999 حتى 2009. وفي عام 2003 حاولت إسرائيل تسجيل بعض المواقع الأثرية في مدينة القدس ضمن قائمة التراث العالمي، وهو ما واجه رفضا تاما من جانب هيئات الآثار العربية. وقال زاهي حواس، الأمين العام للمجلس الأعلى للآثار المصرية، إن «منظمة اليونسكو ولجنة التراث العالمي منظمات ضعيفة لا تعنينا بشيء طالما هي منحازة لاسرائيل على حساب الحق العربي. ولكن تسجيل آثار في اسرائيل ضمن قائمة التراث العالمي، وعلاقة الدولة العبرية سياسيا بمنظمة مستقلة تابعة للأمم المتحدة كانت دائما موضع تساؤل للكثيرين، وهو ما فسره السفير حسن عيسى، مدير إدارة إسرائيل في وزارة الخارجية سابقا وقال أنه لا يوجد منظمة أو هيئة تابعة للأمم المتحدة مستقلة، أو تعمل لصالح الدول الأخرى. وأضاف عيسى: «السبب الثاني الذي يؤكد أن هذه المنظمات غير مستقلة، هو أن الولاياتالمتحدةالأمريكية تسيطر عليها بالكامل».