تفطن القضاء العسكري مؤخرا إلى وجود قضايا فساد مالي ضد الرئيس السابق و زوجته و 3 وزراء سابقين و كاتب دولة سابق للأمن و مسؤولين آخرين،تهم التفويت في عقارات مسجلة بتعاونية الجيش الوطني و ديوان مساكن أعوان وزارة الدفاع،إلى الرئيس السابق و عدد من أفراد عائلته و بعض الشخصيات بالدينار الرمزي،و كذلك إلى صرف مبالغ مالية هامة لتهيئة هضبة سيدي بوسعيد بمبلغ مالي قدره 4 ملايين دينار،و كذلك تم بناء القصر الرئاسي بالحمامات على حساب ميزانية وزارة الدفاع الوطني و تم أيضا اقتناء يخت عليسة على نفقات الوزارة و قد قدرت مصاريف الصيانة بأكثر من مليون و 700 ألف دينار. .و أفضت التحقيقات أيضا إلى صرف مبالغ هامة في المستشفى العسكري لفائدة الرئيس السابق و عائلته و أقاربه و أصهاره و اقتناء معدات طبية بكلفة 875 ألف دينار،إضافة إلى الديون المتخلدة بذمة التجمع الدستوري الديمقراطي المنحل لفائدة وزارة الدفاع الوطني،و تمتد من سنوات 1991 حتى 1999 . هذه القضايا التي تعد جرائم ضد مصلحة الجيش يبلغ عددها 18 قضية محالة على أنظار القضاء العسكري.