La question de la succession de Yasser Arafat était l'un des thème récurrent durant les deux semaines de son hospitalisation. Le quotidien israélien Maariv annonçait que Yasser Arafat avait rédigé un testament dans lequel il désignait comme successeur Farouk Kaddoumi , chef du département politique (affaires étrangères) de l'OLP de l'époque. Les médias français voient en Marouane Barghouti, secrétaire général du Fatah en Cisjordanie et emprisonné en Israël, comme un successeur potentiel à la tête de l'Autorité palestinienne. Des noms comme Mohammed Dahlan et de Mahmoud Abbas circulent également. L'élection présidentielle palestinienne de 2005 se déroule le 9 janvier suivant la mort d'Arafat et désigne Mahmoud Abbas comme nouveau Président de l'Autorité palestinienne. Comme stipulé dans la Constitution palestinienne, le président du Parlement Rawhi Fattuh assure l'intérim. La mort d'Arafat provoque un changement important dans l'équilibre des forces entre le Fatah et le Hamas. Ce dernier remporte les élection municipales de 2005 organisé par Mahmoud Abbas puis les élections législatives de 2006.
