Dans un communiqué publié, le 28 juillet 2015, sur sa page, Moncef Marzouki, revient sur la condamnation de Baghdadi Mahmoudi à la peine capitale, jugement rendu aujourd'hui même. Moncef Marzouki précise que l'extradition de Baghdadi Mahmoudi, ancien Premier ministre de Mouammar Khadafi, s'est faite sans son consentement et qu'il n'existe aucune preuve écrite ou orale qui prouve le contraire. Il affirme que c'est le gouvernement de Hamadi Jebali qui a procédé à l'extradition et que cela a créé des tensions et une crise au sein du gouvernement à l'issue de laquelle l'ancien président avait failli démissionner. Hamadi Jebali avait d'ailleurs démenti cette version affirmant que l'ancien président était tout à fait au courant de la décision d'extradition.
Moncef Marzouki ajoute qu'une plainte a été déposée de sa part au tribunal administratif qui a statué en la faveur de l'arrêt de la procédure et que cette plainte sera rendue publique afin d'éclairer l'opinion publique sur l'affaire.
En outre, l'ancien président souligne qu'il a veillé, tout au long de son mandat, à suivre l'état du prisonnier Baghdadi Mahmoudi et les conditions de son incarcération en Libye en envoyant régulièrement, à cet effet, une commission spéciale.
Pour finir, Moncef Marzouki ajoute qu'en tant que militant des droits de l'Homme qui s'est battu et qui continue de se battre contre la peine de mort, il condamne fermement ces décisions prises à l'encontre des figures de l'ancien régime libyen. Il appelle le peuple libyen à ne pas appliquer la sentence afin de préserver l'image de Libye et de donner une chance au dialogue national qui pourra sortir le pays de la crise.