La Tunisie compte parmi les rares pays méditerranéens ayant adhéré au système du repos biologique dans le domaine de la pêche et créé un fonds pour son financement. Il s'agit du fonds de développement de la compétitivité dans le secteur agricole qui octroie des aides matérielles aux pêcheurs durant la période de repos, fixée en Tunisie à trois mois renouvelables. A l'échelle européenne, cette période ne dépasse pas un mois. Le repos biologique dans le domaine de la pêche consiste en l'arrêt obligatoire d'une ou de plusieurs activités de pêche dans des zones maritimes surexploitées. Ce système a pour principal objectif de préserver l'écosystème dans le milieu marin et de permettre la régénération des ressources halieutiques, notamment, dans les zones où elles sont en régression. Il vise également à mettre fin aux infractions en matière de pêche, d'autant que les résultats d'une étude élaborée par l'Institut national des sciences et technologies de la mer sur la période (1996-2002) ont montré une surexploitation des richesses du littoral tunisien en général et révélé que la pêche dans le Golfe de Gabès a dépassé de 30 pc la capacité de régénération de ces milieux marins. Conséquence, la contribution de la production des poissons des profondeurs (espèces vivant dans les fonds marins) dans le golfe de Gabès à la production nationale a régressé au cours de la période (1990-2008) passant de 43,5% en 1990 à 31,8% en 2000, pour se situer aux alentours de 21,23% en 2008. Au rayon des actions menées au cours de la dernière décennie, la promotion de la recherche scientifique, l'élaboration d'analyses au sein de laboratoires pour fournir d'amples informations sur la dispersion géographique des ressources halieutiques, outre les mesures à caractère organisationnel, institutionnel et de sensibilisation. Il s'agit, également, de renforcer le programme de lutte contre la pêche anarchique, à travers l'intensification des moyens de contrôle et la mise en place d'environ 7000 récifs artificiels dans des zones maritimes sensibles du Golfe de Gabès. L'objectif de ces actions est de permettre aux poissons de croître et de se reproduire. Les opérateurs dans le secteur de la pêche contribuent au fonds de développement de la compétitivité dans le secteur de l'agriculture et de la pêche à raison de 1% du chiffre d'affaires à la vente sur le marché local et 2% sur la valeur des produits à l'exportation. Pour l'année 2009, l'application de ce système a démarré le 1er juillet et s'est poursuivie jusqu'au mois de septembre. Le nombre des embarcations ayant adhéré à ce système a atteint au cours de la saison actuelle 171 embarcations de pêche à la traîne. Ces embarcations (167 au port de pêche de Sfax, 2 au port de Chebba et 2 autres au port de Zarzis) ont suspendu leurs activités au cours de la période de repos biologique. Les autres embarcations (au nombre de 25) se sont déplacées pour poursuivre leurs activités en dehors du Golfe de Gabès. Environ 1765 marins pêcheurs ont bénéficié d'aides financières d'un montant de près de 2,5 millions de dinars, accordées en compensation de l'arrêt des activités de pêche. Une première tranche de ces aides a été versée et la deuxième sera bientôt déboursée. Les embarcations de pêche à la traîne ont arrêté leurs activités conformément aux directives et réglementations instituées dans ce cadre et aucune infraction n'a été jusqu'à ce jour enregistrée. L'Institut national des sciences et technologies de la mer a constaté, à travers une évaluation faite au mois de septembre 2009, voire avant la fin de la période du repos biologique dans le Golfe de Gabès, un accroissement des quantités des variétés de poissons pêchées. La moyenne de pêche dans les profondeurs de plus de 40 m est passée de 41,3 kg par heure au cours du mois de septembre 2008 à 109 kg par heure au cours de la même période de 2009. Les données fournies montrent aussi une croissance de la quantité des poissons et alevins, ce qui constitue un autre indicateur de régénération des richesses et réserves halieutiques. Au-delà de ses indicateurs positifs, l'Institut appelle tous les intervenants à donner encore du temps aux variétés de poissons qui n'ont pas encore atteint la maturité, pour qu'elles parviennent à des dimensions conformes aux critères légaux, et ce à travers le recours à des techniques sélectives de pêche. Sur la base des évaluations des résultats de ce système, les intervenants du secteur (administration, professionnels et marins pêcheurs), conscients de la nécessité de protéger les ressources halieutiques et d'améliorer les conditions des opérateurs du secteur, ont exprimé la volonté de poursuivre l'application du repos biologique et d'œuvrer pour en améliorer les résultats. Pour atteindre cet objectif, les parties concernées sont appelées à axer leurs interventions, dans le cadre du XIème plan de développement (2007-2011), sur le suivi des programme de recherche scientifiques, la promotion des activités de la pisciculture, la rationalisation de l'exploitation et la réduction de la pression sur les zones de pêches traditionnelles et la protection des réserves halieutiques contre la pêche anarchique. Le système du repos biologique a été appliqué pour la première fois en 2006 pour une période de 45 jours (du 15 juillet jusqu'au 31 août). Pendant cette période, les activités de pêche ont été interdites dans toute la zone maritime de Ras Kaboudia, dont la situation est exceptionnelle car elle représente l'intersection de la zone de pêche du poisson bleu (au nord vers Mahdia) et celle du poisson blanc (au sud vers Sfax). Les évaluations de cette expérience ont montré l'adhésion des armateurs au système de repos biologique, lequel a abouti à l'accroissement des réserves de poissons. Pour couronner les résultats positifs de cette expérience, le chef de l'Etat a ordonné, le 19 décembre 2008, lors d'un conseil ministériel, la prolongation de la durée de ce repos et la création d'un fonds pour son financement. L'objectif de cette décision est d'appuyer les efforts de protection des richesses halieutiques, éviter la surexploitation, garantir leur pérennité et encourager les marins pêcheurs à adhérer à ses dispositions. La nouvelle durée de trois mois (renouvelables), qui coïncide avec la ponte des poissons, vise à permettre aux alevins de se reproduire et de s'accroître. Elle a, aussi, pour avantage de réduire les activités de pêche dans les zones habituellement surexploitées. Le repos biologique est appliqué, essentiellement, dans les zones menacées de surexploitation et où les réserves de poisson sont en régression. Le Golfe de Gabès, considéré comme étant "un vivier" pour plusieurs variétés de poissons, figure parmi les zones les plus menacées d'où la décision d'y entamer l'application du système de repos biologique pour cette année.
